木瓜鱼的疾病有很多，用的药也不一样，常用的杀菌药主要是黄粉、土霉素、庆大霉素等等。通常在患病初期，不需要下药治疗，而是先给鱼儿换水，保持水质的干净卫生，有助于它的康复。其次要适当升温，提高鱼儿的抵抗力。并往水中适当下盐，浓度控制在千分之三到千分之五。
只有根据木瓜鱼的病情用的药才会起到药到病除的作用，切忌盲目投放。用药之前一定要首先确定鱼病的种类，症状，了解药物的性质和如何使用有哪些副作用，治病原理这些因素。还有就是不能使用违禁药物，如氯霉素、氟哌酸、呋喃唑酮、五氯酚钠、孔雀石绿等。最后就是，不要使用木瓜鱼过敏的药物。
