龟体解剖示意图
龟胚胎期虽有鳃裂产生，但不会形成鳃，自然也不用鳃来呼吸，龟胚胎的气体交换是通过尿囊来实现的。出壳后的龟会使用肺部呼吸，但是又有着与众不同之处，下面详细介绍一些龟的呼吸方式。
龟龟的身体机能构造是有别于其他动物的，其呼吸方式也是与众不同的。龟类的内鼻孔呈裂缝状，开口处在口腔的中部。声门是靠近气管的入口处，在声门的后面，有一对上皮粘膜，但没有声带，在声门后面的就是喉头。然后是约等于头颈长度的气管，当气管进体腔后，就分为左右气管。气管与支气管都有软骨环支撑，以保证气管畅通。当气管进入形似囊状的肺脏时，就分成7~10根以上的肺管，再分细支到达各部分，形成蜂窝状的肺泡，使肺表面积增大，以增强气体交换功能。气管软骨环在食道邻接处中断，仅有结缔组织膜把它们联接起来。所以，既便是龟龟吞咽食物，又不会妨碍肺部的呼吸。
因为龟龟的身体由背甲和腹甲包着，所以不能像其它爬行类动物和脊椎动物那样可以靠涨缩肺部来完成呼吸过程。龟类的呼吸一般是由两种方式。一种是龟龟靠舌头在口腔内的活动来完成。龟龟舌头在口腔内的上下活动，改变口腔内的容积，使口腔内空气吐出或吸入。龟的口腔与咽头黏膜布满毛细血管，可以进入气体交换，这是龟龟的一种辅助呼吸方式。
另一种是靠龟龟的颈部和四肢的活动来完成呼吸的。龟龟颈部和四肢的活动，使得龟龟内部器官的肌肉扩张、推挤肺部，这样就可改变被包容在甲壳内的腹腔的大小，从而影响肺的扩大与缩小，以此完成呼吸动作。
如果饲养环境的温度事宜龟龟活动的时候，龟龟会四处走动而自然完成呼吸，如温度过低而使其不愿活动时，因四肢不再活动而必须由活动颈部牵动前脚来帮助完成呼吸动作。如果细心观察的话，你可能会发现龟在睡眠或者冬眠时也会发生无意识的头部和四肢抽动现象，那就是呼吸动作。
水栖性的龟，在泄殖腔的尿道侧壁有一对尿囊，也叫做副膀胱，这两个副膀胱同时具有吸水和排水的作用，并且这对副膀胱的壁上还分布有特别丰富的毛细血管，在水中可以进行气体交换，所以它又被视为龟龟的另一套呼吸系统，好像龟龟又回归到了未出世前的胚胎时期的呼吸方式那样。
总结的说实际上龟龟的呼吸方式像略低于它们的两栖类动物那样，借助口中运动进行口咽式呼吸外，还有了羊膜动物共有的胸腹式呼吸。龟类与其它爬行动物一样，呼吸系统比两栖类动物进化得更完整，没有了用鳃呼吸的阶段。
