大弹涂鱼能繁殖。大弹涂鱼雌雄异体，一年性成熟，产卵室内产卵受精。在繁殖季节（福建省4〜9月，盛期为5〜7月），雄鱼在滩涂上反复跳跃，做求爱活动，雌雄亲鱼自由配对进入洞穴，在洞穴的产卵室内产卵受精。产卵日期是从小潮到临近大潮，即每逢农历初八至十三和廿三至廿八。受精卵为沉性黏着性卵，黏着在产卵室的顶部和周壁，历经4〜7天孵出仔鱼。
大弹涂鱼仔鱼孵化后2〜3日龄出洞。体长10厘米左右的成熟雌鱼怀卵量12000〜15000粒。成熟的雌雄鱼腹部外观上差别不大，要仔细观察其生殖孔才能加以区别。生殖孔红肿且大而圆者为雌性，狭小延长呈尖状者为雄性。在同一类群中，大弹涂鱼体长越长，怀卵量越多，而体重与怀卵量没有明显的相关性。
