兔兔的耳朵也需要定期清理来维持健康状态。兔兔的外耳道里含有耵聍腺，会分泌少量保护耳道的耵聍，耵聍与脱落的上皮结合成耳垢，一般兔兔自己就能用后爪清理掉，如果兔兔后爪指甲过长，记得要帮助修剪，以避免伤到皮肤。
正常情况下，不用特意帮兔兔做耳朵清理，耳朵是个非常敏感的部位，里面的结构复杂，清理不当，就容易造成发炎，但如果一些特殊情况，像后肢有残疾行动不便的兔兔，或者耳朵过大通风不好的垂耳兔，若需要清理时，我们可以视具体情况来操作。
把兔兔固定在一个光线充足，高矮合适的桌面上，刚开始先要稳住兔兔，帮兔兔做些清理前的准备工作，像抚摸，按摩，以避免其乱动。最好两个人操作，一个人稳住兔兔的头部和身体，一人负责清理 。
准备好清理工具：一次性卫生棉签（注意检查一下棉签上的棉花，要紧紧的缠在木棍上，避免清理时脱落掉入耳内造成耳炎）。
无药性小兔子洗耳液。干净的软毛巾。
清理方法一：
在确定好兔兔不会乱动后，用准备好的卫生棉签蘸少许洗耳液，由内向外（棉签不要伸的过于靠里），将耳朵里的耳屎推出即可。
兔兔的外耳道通向耳底这一段有个的弯度，呈ㄑ型，棉签触碰不到耳底的鼓膜，但清理时也不要伸的太靠里，以防兔兔忽然乱动时棉签上的棉花脱落或棉签折断，而导致耳朵发炎。
清理方法二
稳固好兔兔的头部后，将洗耳液顺耳边滴入耳道，这时候兔兔会条件反射的甩头，要稳固住，以避免其甩，最好两人操作。之后用手快速将耳朵合起，轻揉耳根（主要是让洗耳液软化耳垢）一分钟，然后放开耳朵，任由兔兔把耳朵里被洗耳液软化的耳垢甩出，然后用干净的毛巾将剩余的洗耳液擦干净即可，一次可清理一个耳朵，隔天在清理另一只。
正常情况下，不用多此一举来帮兔兔做耳朵清理，如需要清理时，要小心操作。
一般兔兔都比较警觉，清理最好选在兔兔玩耍跑累了的时候来做，清理之前先做些提前准备工作，像按摩，抚摸，轻揉的话语等，待兔兔完全信任放松在来做。
如果自己没经验，动手能力差，或者兔兔不配合，也可以带去宠物店找专业人员帮助清理。另外，清理过后的耳朵，到第二天兔兔都不愿立起来，就有可能清理时伤到了，需要就医检查。
另外，如果耳道里的分泌物过多就有可能生病，需要就医检查。
