猫病毒性上呼吸道感染通常由两种病毒引起，但是单靠一些临床症状很难区分该病是由哪种病毒引起的，不过只要有选择性的治疗，是否能区分病因并没有太大的影响。对患有病毒性上呼吸道感染、FHV-1或FCV感染的幼猫来说。治疗主要围绕能否提供良好的看护、能量、输液和对付继发细菌感染的抗菌疗法。脱水导致分泌物加重和呼吸困难，最好是用经口供给液体，而不用不经肠的输液方法。使用鼻管喂食有助于对病猫的能量供应。现在没有针对病猫的抗病毒疗法，较受欢迎的抗疱疹病毒药，无环鸟苷，经研究后发现对FHV-1无效。
对患有FHV-1引起的溃疡性角膜炎的猫而言，可使用眼科用三氟哩啶(1％溶液)，每4h局部患处用药1次，直到临床症状缓解1周停药。人用的局部抗充血药可用于猫，进行短期的缓解疗法。使用这些药过久可引起鼻腔内充血回弹，使呼吸困难。如提供支持性护理，感染的愈后非常理想。在没有治疗的情况下，多数感染在10～14天内自限，但继发细菌感染可加剧病情。并发的肺炎将危害幼猫，尤其是当支气管败血性博代氏菌存在时，可导致受感幼猫的高死亡率。愈后取决于慢性带菌状态的发展和临床症状，FCV与长期带菌状态下的重要的上呼吸道疾病和口腔疾病有关。
