云南闭壳龟外观看上去很像中华草龟，我国一共有七种闭壳龟，每一种之间都有一些相似的地方，所以鉴别起来有一定的难度，云南闭壳龟是其中很少见的一种，所以人们只能根据仅存的一些云南闭壳龟来研究其外观。
云南闭壳龟头顶光滑无鳞。壳长140 mm左右。头中等，头背棕橄色，上颚不钩曲。头侧鼓膜上下从眼前后直达颈部有2条黄色条纹，颏及咽部有黄色云斑。颈角板狭长方形或三角形，后缘较前缘宽。背甲拱起不明显，具3条纵棱，脊棱强。背甲与腹甲几等长，以韧带相连。龟甲能闭合，但腹甲大，前缘圆，后缘凹入，不能完全盖满与背甲间的空隙。
云南闭壳龟前后肢扁平状。前肢5指，后肢4趾，指、趾间全蹼。前肢前缘有横置宽鳞。四肢上有黄色点或条纹，背角板棕榄色，边缘及棱上有黄色。腹面角板棕榄色，边缘黄色，缝间黑色。腹棕色或浅黄橄榄色，边缘黄白色，鳞缝暗黑色或腹黄橄榄色，在各腹盾上，有浅红棕色污斑。
