云南花兔作为农村养殖的增收项目，最重要的并不是何如饲养，而是如何更好的预防与阻隔疾病，在很多地区，人们饲养兔子的方式是差不多的，所以如果爆发大规模疾病的话，是很难控制疫情的。
一、定期免疫
云南花兔仔兔断奶时应注射免疫疫苗，每兔１毫升，隔10天后再注射１次兔瘟、巴氏杆菌、魏氏梭菌三联苗，每兔２毫升。以后每隔４个月注射１次三联苗。注射疫苗要做好消毒工作，一兔一针，严禁混用，以免人为传染。
二、定期投喂预防
云南花兔预防用药要有计划地科学地定期投喂。预防球虫病的仔兔断奶后，每兔每天投喂氯苯胍１片，可连喂４５天。预防胃肠炎、腹泻可在饲料中拌入止痢灵，每天每兔１克，持续使用15～20天。兔饲料中每隔２天拌入喹乙醇，每兔１片，连用15～20天，可预防兔巴氏杆菌病(详情介绍)，尚可促进生长。另外在夏天每隔10～20天投喂１次敌菌净。
三、定期消毒
每年开春后，云南花兔兔场内外都要彻底消毒1次，以后每隔10天1次。消毒次数视季节而异，一般秋季半个月1次，冬季每月１次。消毒药剂可选择百毒杀、菌毒敌、消毒灵、生石灰、氢氧化钠、来苏儿等交替使用。
